군평선이의 식성을 연구하기 위해 여수 소리도 주변해역에서 소형 trawl을 이용하여 2003년 6월부터 2004년 5월까지 채집된 군평선이의 위내용물을 조사하였다. 군평선이의 가장 중요한 먹이생물은 새우류였으며, 그 다음으로 게류, 갯지렁이류 및 단각류순으로 중요하였다. 그 외에 이매패류, 두족류, 해초류, 집게류, 등각류, 미동정 난, 곤쟁이류, 복족류 및 요각류 등이 발견되었으나, 그 양은 많지 않았다. 군평선이는 성장함에 따라 먹이생물의 전환이 뚜렷하였다. 가장 작은 크기군인 체장 10～11.9 cm 크기군에서는 단각류의 점유율이 높았지만 체장이 증가함에 따라 단각류의 점유율은 점차 감소한 반면, 새우류의 점유율이 증가하여 12～17.9 cm 크기군에서는 가장 중요한 먹이생물이 되었다. 한편 체장 18～22.1 cm 크기군에서는 갯지렁이류의 점유율이 증가하여 새우류와 더불어 중요한 먹이생물로 나타났다. 군평선이는 성장함에 따라 먹이생물의 크기가 점차 증가하였다.