2001년 9월부터 2002년 7월 사이 낙동강 하구역에서 otter trawl을 이용하여 계절별로 어류를 채집하여 종조성 및 양적변동을 파악하고, 하구둑 건설이전 어류 조사와 비교하였다. 본 조사에서는 총 21과 30종의 어류가 채집되었으며, 문절망둑과 주둥치가 최우점종이었는데, 이들 어종이 전체 채집 개체수와 생체량의 71.2%와 67.8%를 차지하였다. 그 외 양태, 꼼치 등이 우점하였다. 채집종수는 봄과 가을에, 개체수 및 생체량은 봄과 여름에 높았으나, 겨울에는 모두 낮았다. 하구둑이 완공되기 직전에 실시된 어류 조사와 비교한 결과 어류 종조성의 변화가 뚜렷하였다. 과거의 우점종인 흰베도라치, 실양태, 밴댕이 및 고등어 등은 채집량이 크게 감소한 반면, 문절망둑, 양태, 꼼치, 두줄망둑 및 농어 등은 채집량이 크게 증가하였다. 하구둑 건설 이후 강 상류로부터 내려오는 담수의 유입이 수시로 차단됨에 따라 하구역에서의 해수 유동 변동이 초래되었으며, 그 결과 하구역에 각종 부유물이 축척되는 등의 저질 환경이 변화가 일어나 어류상에 영향을 준 것으로 보인다.